దక్షిణాఫ్రికాలో గాంధీ రెండోదశ పోరాటం 1906 నుంచి మొదలైంది. ఈ దశలో ఆయన శాసనోల్లంఘనను ఉద్యమ విధానంగా ఎంచుకుని, దానికి సత్యాగ్రహం అని పేరు పెట్టారు. దక్షిణాఫ్రికాలోని ప్రతి భారతీయుడూ తన వేలిముద్రలున్న గుర్తింపు పత్రాలు తప్పనిసరిగా తమతోపాటు ఉంచుకోవాలని ప్రభుత్వం శాసనం చేసినప్పుడు దానిపై నిరసన వ్యక్తం చేసేందుకు గాంధీ ఈ విధానాన్ని ఉపయోగించారు. 1906, సెప్టెంబర్ 11న జోహాన్నెస్బర్గ్లోని ఎంపైర్ థియేటర్లో జరిగిన సభలో భారతీయులంతా ఈ శాసనానికి లొంగకూడదని, ఎలాంటి పర్యవసానాలనైనా ఎదుర్కోవడానికి సిద్ధంగా ఉండాలని తీర్మానించారు. ప్రభుత్వ శాసనం ప్రకారం భారతీయులు తమ పేర్లు నమోదు చేసుకోవాల్సిన గడువు ముగియడంతో గాంధీతోపాటు మరో 26 మందిని జైలుకు పంపారు. మిగతావారూ ఇదే మార్గాన్ని అనుసరించారు. అందరూ దీన్ని ముద్దుగా కింగ్ ఎడ్వర్డ్ హోటల్ అని పిలుచుకున్నారు.
ఇదిలా ఉండగా, దక్షిణాఫ్రికా ప్రభుత్వం భారతీయుల వలసలను నియంత్రించడానికి మరో కొత్త శాసనాన్ని తీసుకొచ్చింది. దీన్ని వ్యతిరేకించడానికి ఉద్యమం విస్తృత రూపం దాల్చింది. 1908, ఆగస్టులో నటాల్కు చెందిన అనేకమంది భారతీయ ప్రముఖులు ఈ కొత్త వలస నియంత్రణ చట్టాన్ని ఉల్లంఘిస్తూ నటాల్ ప్రారంభపు సరిహద్దులు దాటి ట్రాన్స్వాల్ ప్రాంతంలోకి ప్రవేశించి అరెస్టయ్యారు. 1908, అక్టోబర్లో గాంధీ కూడా జైలుపాలయ్యారు. ప్రభుత్వం భారతీయులను ముఖ్యంగా పేదవారిని తిరిగి భారతదేశానికి పంపించే కార్యక్రమానికి నడుం బిగించింది. ఆర్థిక ప్రయోజనాలను దెబ్బతీసే బెదిరింపులతో వ్యాపారులను లొంగదీసుకోవడానికి సిద్ధపడింది. ఉన్నతాధికారులను కలవడానికి
1909లో గాంధీ జరిపిన లండన్ యాత్ర ఫలితాలనివ్వలేదు. మరోవైపు సత్యాగ్రహాల కుటుంబాలకు చేయూతనివ్వడానికి, ఇండియన్ ఒపీనియన్ నిర్వహణకు ఉద్దేశించిన నిధులు కూడా అయిపోయాయి. ఈ దశలోనే గాంధీ తన జర్మన్ మిత్రుడు కల్లెన్ బాచ్ ఆర్థిక సాయంతో టాల్స్టాయ్ వ్యవసాయ క్షేత్రాన్ని సత్యాగ్రహాల కుటుంబీకులు తమ కాళ్లపై తాము నిలబడేందుకు ఏర్పాటు చేశారాయన. భారతదేశం నుంచి గాంధీకి విరాళాలు అందడం ఆరంభమైంది. టాటాలు రూ. 25 వేలు పంపించారు. కాంగ్రెస్, ముస్లింలీగ్లు కూడా విరాళాలు పంపించాయి. హైదరాబాద్ నిజాం కూడా ఆర్థిక సాయం చేశారు.
1911లో దక్షిణాఫ్రికా ప్రభుత్వానికి, భారతీయులకు మధ్య ఒక ఒప్పందం కుదిరింది. కానీ, అది 1912 చివరి వరకు మాత్రమే అమలైంది. ఇంతలో గోఖలే దక్షిణాఫ్రికా వచ్చారు. ప్రభుత్వం ఆయనకు అతిథిగా ఆదరించి భారతీయులకు వ్యతిరేకంగా ఉన్న అన్ని రకాల వివక్షాపూరిత చట్టాలను రద్దు చేస్తామని హామీ ఇచ్చింది. అయితే, ఈ హామీ ఎప్పటికీ అమలుకు నోచుకోకపోవంతో 1913లో మళ్లీ సత్యాగ్రహం ఆరంభమైంది.